Генштаб СССР был центральным органом военного управления страны. По понятным причинам не все проводимые им операции были известны широкой общественности. Некоторые носили статус повышенной секретности.

Операция «Березино»
В годы Великой Отечественной войны Генштаб СССР провел множество операций, но секретных среди них было не так много. Самыми успешными из таковых стали операции «Монастырь» и «Березино». По задумке разведывательного управления Генерального штаба и смежных спецслужб решено было слегендировать существование в Советском Союзе подпольной организации «Престол», сочувствующей немцам. Ключевую роль в разработке сыграл завербованный ещё в 1929 году эмигрант Александр Демьянов. Завербованный советской контрразведкой, в ходе операции «Монастырь», он способствовал поимке немецких разведчиков и отправке в Германию дезинформации. Немецкая разведка доверяла Дементьеву, у них он проходил под псевдонимом «Макс», для советской разведки он был «Гейне». 18 августа 1944 года он радировал своему немецкому «начальству» о том, что в районе реки Березины попал в окружение большой отряд вермахта. Командовал этим «отрядом» подполковник Шерхорн («Шубин»). Успеху операции «Березино» способствовало то, что в ней были задействованы реальные немецкие офицеры, перешедшие на сторону РККА. Они убедительно изображали уцелевший полк, а парашютисты-связные немедленно перевербовывались контрразведкой, включаясь в радиоигру. По архивным данным, с сентября 1944 года по май 1945 года немецким командованием в наш тыл было совершено 39 самолето-вылетов и выброшено 22 германских разведчика (все они были арестованы советскими контрразведчиками), 13 радиостанций, 255 мест груза с вооружением,обмундированием, продовольствием, боеприпасами, медикаментами, и 1 777 000 рублей. Снабжение «своего» отряда Германия продолжала до самого конца войны.

Операция «Анадырь»
«Анадырь» — кодовое название секретной операции Генштаба СССР по доставке на Кубу советских ракет, авиационных бомб и боевых подразделений. Общая численность советской группы войск составляла 50 874 человека личного состава и до 3000 человек гражданского персонала. Кроме того, необходимо было перевезти свыше 230 000 тонн материально-технических средств. Первый транспорт вышел на Кубу 10 июля 1962 года. Для сохранения секретности американской разведке операцию подали под видом стратегического перебазирования сил армии СССР в разные районы её официального присутствия. Для пущей дезинформации корабли министерства морского флота СССР с муляжами танков, орудий и другой техники отправлялись из разных портов СССР. Всем, за исключением высших офицерских чинов, было объявлено о том, что груз отправляется на Чукотку. Отсюда и называние операции — «Анадырь».
Порт Анадыря указывался и во всех сопроводительных документах. В порты отправки приходило большое количество зимней одежды, валенок, дубленок, шуб. Участник тех событий, сержант ракетной части 14119 в городе Дарница Виктор Костюхевский вспоминал: «Секретность была невероятная. Почти никакой информации. Подписывалась бумага о том, что каждый отдельный солдат готов исполнить свой интернациональный долг на территории другой страны. Всё. Больше никаких подробностей». Только 14 октября 1962 года, проанализировав аэрофотосъемку, в ЦРУ поняли, что на Кубе установлены советские баллистические ракеты. До этого, даже несмотря на донесения информаторов, США не были окончательно уверены в том, что над Кубой раскрылся советский «ядерный зонтик».
Операция «Вьетнамский бросок»
Участие советских войск во Вьетнамской войне долгое время не афишировалось. Несмотря на то, что современные голливудские фильмы изображают «красного» спецназовца чуть ли не главным врагом «янки», присутствие советских военных во Вьетнамской войне носило секретный статус. СССР принял решение об отправке своих военных во Вьетнам только после того, как 2 марта 1965 года США начали регулярные бомбардировки Северного Вьетнама. Советский Генштаб начал широкомасштабные поставки военной техники, специалистов и солдат во Вьетнам. Конечно, все происходило в условиях строжайшей секретности.
По воспоминаниям ветеранов, перед вылетом солдат переодевали в гражданскую одежду, их письма домой проходили такую жесткую цензуру, что попади они в руки постороннего человека, последний смог бы понять лишь одно: авторы отдыхают где-то на юге и наслаждаются своим безмятежным отпуском. Из СССР во Вьетнам прибыло шесть с небольшим тысяч офицеров и около 4000 рядовых. Эти цифры наглядно показывают, что быть «главным врагом» для полумиллионной армии США «советский спецназовец» не мог. Кроме военных специалистов СССР отправил во Вьетнам 2000 танков, 700 легких и маневренных самолетов, 7000 минометов и орудий, более сотни вертолетов и многое другое. Практически вся система ПВО страны, безупречная и непроходимая для истребителей, была выстроена советскими специалистами на советские средства. Проходило также и «выездное обучение». Военные училища и академии СССР обучали вьетнамских военнослужащих.

«Африканский спецназ»
О том, что советские военные воевали в Африке, долгое время было не принято говорить. Больше того, 99% граждан СССР не знали о том, что в далекой Анголе, Мозамбике, Ливии, Эфиопии, Северном и Южном Йемене, Сирии и Египте был советский военный контингент. Конечно, доносились слухи, но к ним, не подтвержденным официальной информацией со страниц газеты «Правда», относились сдержанно, как к байкам и домыслам. Между тем, только по линии 10-го Главного управления ГШ ВС СССР с 1975 года по 1991 год через Анголу прошли 10 985 генералов, офицеров, прапорщиков и рядовых.

В Эфиопию за это же время были командированы 11 143 советских военнослужащих. Если учитывать еще и советское военное присутствие в Мозамбике, то можно говорить больше чем о 30 000 советских военных специалистов и рядового состава на африканской земле. Однако, несмотря на такие масштабы, солдаты и офицеры, исполнявшие свой «интернациональный долг» были как будто несуществующими, им не давали орденов и медалей, об их подвигах не писала советская пресса. Их словно не было для официальной статистики. В военных билетах участников африканских войн, как правило, не было никаких записей о командировках на африканский континент, а просто стоял неприметный штампик с номером части, за которым скрывалось 10-е управление Генштаба СССР.